- Macropodia macropus
- Macroscyphus macropus
- Macrocystidia cucumis
- Macrolepiota konradii
- Macrolepiota procera
- Macrolepiota rhacodes
- Macrolepiota rachodes var. bohemica
- Macrotyphula fistulosa
- Macrotyphula juncea
- Marasmius alliaceus
- Marasmius androsaceus
- Marasmius epiphyllus
- Marasmius oreades
- Marasmius rotula
- Marasmius scorodonius
- Megacollybia platyphylla
- Melanoleuca brevipes
- Melanoleuca cognata
- Melanoleuca melaleuca
- Melanoleuca stridula
- Melanoleuca verrucipes
- Melanophyllum hematospermum
- Melanophyllum eyrei
- Mensularia nodulosa
- Meripilus giganteus
- Merismodes confusa
- Merismodes fasciculata
- Merismodes fasciculatus
- Meruliopsis corium
- Meruliopsis taxicola
- Microglossum griseoviride
- Microsphaera alphitoides
- Microstoma protractum
- Mitrophora semilibera
- Mitrula paludosa
- Monilinia oxycocci
- Mollisia cinerea
- Morchella bohemica
- Morchella conica
- Morchella esculenta
- Morchella gigas
- Morchella importuna
- Mucidula mucida
- Mycena capillaris
- Mycena epipterygia
- Mycena haematopus
- Mycena galericulata
- Mycena galopus
- Mycena galopus var. leucogala
- Mycena galopus var. nigra
- Mycena integrella
- Mycena pura
- Mycena purpureofusca
- Mycena rosea
- Mycen stipata
- Mycena tintinabullum
- Mycena zephirus
- Mycenastrum corium
- Mycetinis alliaceus
- Mycetinis scorodonius
- Mycoacia uda
- Mycosarcoma maydis
- Myxarium nucleatum
- Myxomphalia maura